En el santuario de Cracovia – Lagiewniki se encuentra uno de los cementerios más antiguos de Cracovia: se trata del cementerio conventual fundado a finales del siglo XIX, que está al fondo de los terrenos del antiguo jardín de las Hermanas de la Madre de Dios de la Misericordia. En dicho cementerio yacen los cuerpos de las hermanas fallecidas en el convento, de capellanes, de pupilas de la Congregación, así como de personas relacionadas con el convento de Lagiewniki. En este cementerio, y durante 28 años, también yacían los restos mortales de santa Sor Faustina. Aquí están enterradas, entre otros, la Madre Superiora General, la m. Michaela Moraczewska, la Hna Kaliksta Piekarczyk, que ofreció su vida para que Cracovia quedara preservada de la destrucción de la Segunda Guerra Mundial, la m. Xaviera Olszamowska, que ofreció su vida por la intención de la institución de la fiesta de la Divina Misericordia en la Iglesia, y por la difusión del mensaje de la Misericordia; hay también restos mortales de otras hermanas que han hecho el sacrificio de sus vidas en diferentes intenciones. El cementerio conventual, limita por el lado sur con la basílica del Santuario de Lagiewniki, y suele ser visitado por los peregrinos. En cambio, por el lado este, que está detrás de la basílica, hay un cementerio de guerra de la Primera Guerra Mundial. Allí no hay tumbas separadas, sino solo una gran cruz y un obelisco con una placa que reza: aquí yacen 266 soldados de 15 países europeos. Durante la Primera Guerra Mundial, parte de la propiedad conventual fue ocupada para cubrir las necesidades de un gran hospital militar que tenía más de 1.000 camas. También contenía varias pabellones provisionales, en los que se daba asistencia médica a soldados de diferentes nacionalidades que padecían de tifus, cólera, disentería, viruela y fiebre escarlata, es decir, enfermedades contagiosas. No se logró salvar a todos los soldados, así que algunos perecieron en el hospital, por lo que fueron enterrados en el cementerio detrás de los muros del convento.
