La hora de la agonía de Jesús, es decir, las tres de la tarde, es un tiempo muy especial en la devoción a la Divina Misericordia. En esta hora procuramos permanecer en espíritu al pie de la Cruz de Cristo, a fin de suplicar la misericordia para uno mismo y para el mundo entero en virtud de los méritos de su Pasión. Sobre esta hora de la Misericordia, el Señor dijo a Sor Faustina: A las tres, ruega por Mi misericordia, en especial para los pecadores y aunque sólo sea por un brevísimo momento, sumérgete en Mi Pasión, especialmente en Mi abandono en el momento de Mi agonía. Ésta es la hora de la gran misericordia para el mundo entero (Diario 1320). Cabe esclarecer aquí, que no se trata de una hora exacta de reloj (60 minutos), sino que se trata de tener presente el momento de la agonía de Jesús en la cruz, es decir, de acompañarle rezando a las tres de la tarde.
Jesús no propone una oración concreta para esta hora de las 3 de la tarde; más bien dijo que se podía, por ejemplo, rezar el Via Crucis, hacer la visita al Santísimo Sacramento, y si el tiempo no lo permite debido a las obligaciones, al menos, durante unos momentos, allí donde estemos, hay que tratar de unirse con Él cuando agoniza en la Cruz, aunque sólo sea por un breve momento. El objeto de esta oración es el misterio de la Pasión de Cristo. Esta oración en la Hora de la Misericordia debe cumplir ciertas condiciones: debe tener lugar a las tres de la tarde (cuando el reloj marca la hora exacta), debe dirigirse directamente a Jesús, y en nuestras súplicas y peticiones, hay que referirse a los méritos y al valor de su dolorosa Pasión.
Sin embargo, en la práctica y en diversas publicaciones, a menudo se insiste en la opinión según la cual a las tres de la tarde hay que rezar la Coronilla de la Divina Misericordia, pues se considera que entonces esta oración tiene un poder especial. Esta forma de pensar se debe a una cierta ignorancia sobre la devoción a la Divina Misericordia, porque hay un desconocimiento de las formas trasmitidas por Sor Faustina; tal vez esto también se deba a la necesidad de tener una fórmula determinada para rezar en esta hora de la Misericordia. La oración en la Hora de la Misericordia es una forma particular del culto a la Divina Misericordia, con la que Jesús asoció una promesa determinada; también estableció la forma de practicarla. Jesús, en ningún momento dijo que hubiera que rezar la Coronilla de la Divina Misericordia en esta hora. Por supuesto, es posible rezar la Coronilla en esta hora santa, así como en cualquier otro momento del día y de la noche; pero entonces hay que tener claro que no estamos practicando la oración de la Hora de la Misericordia, sino que simplemente rezamos la Coronilla de la Divina Misericordia. La Coronilla no puede ser la oración de la Hora de la Misericordia, puesto que se dirige directamente a Dios el Padre (Padre Eterno, yo te ofrezco…), y la oración en la Hora de la Misericordia debe dirigirse a Jesús.
La práctica sistemática de la oración en la hora de la Misericordia nos introduce en un contacto directo y personal con Jesús, nos hace meditar su misericordia, que se manifestó durante su Pasión, y nos permite dirigirnos a Jesús directamente, es decir, a Alguien muy cercano; entonces, en virtud de los méritos de su Pasión podemos pedir la misericordia para nosotros mismos y para mundo entero. Depende de nosotros mismos si queremos o no rezar a las tres de la tarde y practicar la oración en la Hora de la Misericordia, o si más bien preferimos rezar la Coronilla de la Divina Misericordia. En todo caso, se trata de dos cosas diferentes. Pero al propagar la devoción a la Divina Misericordia y su práctica, deben dejarse bien definidas las cosas, con toda claridad, y no mezclar la Hora de la Misericordia con la Coronilla.