El corazón del Santuario de la Divina Misericordia en Cracovia-Łagiewniki es la capilla del convento con la milagrosa imagen de Jesús Misericordioso y la tumba de santa Faustina. Este pequeño templo, construido dentro del complejo conventual de las Hermanas de la Congregación de la Madre de Dios de la Misericordia, iglesia que fue dedicada en 1891 (bajo la advocación de san José), en otro tiempo era utilizada sólo por las hermanas y sus alumnas pupilas, y fue testigo de la oración y las gracias extraordinarias (incluyendo las revelaciones de Jesús y de la Santísima Virgen), que en este lugar recibió la apóstol de la Divina Misericordia, Sor Faustina. Con su muerte, dejó depositado en este lugar el mensaje de la misericordia de Dios, que por voluntad de Cristo, ella misma transmitió a la Iglesia y al mundo. Por todo ello, el Santuario de Łagiewniki se ha convertido en la capital de la devoción a la Divina Misericordia, cuyo mensaje se extiende por todo el mundo; también es el lugar hacia donde peregrinos de todos los continentes llegan mendigando las gracias que necesitan, que alcanzan, como lo demuestran los numerosos exvotos colocados en vitrinas alrededor de la capilla.
En el altar lateral del lado izquierdo de la capilla se encuentra la imagen milagrosa de Jesús Misericordioso, que fue pintada por el artista Adolf Hyła, y bendecida por el Padre José Andrasz SJ (director espiritual de Sor Faustina en Cracovia) el día 16 de abril de 1944, primer domingo después de Pascua. Copias y reproducciones de dicha imagen han sido repartidas por todo el mundo, y con ello se cumplieron las palabras que Jesús dijo a Sor Faustina en su primera aparición: Deseo que esta imagen sea venerada primero en su capilla y en el mundo entero (Diario47).
Justo bajo la imagen, reposan, en una pequeña urna de mármol, las reliquias de santa Faustina, y una partícula de la reliquia se colocó en un reclinatorio de mármol que hay delante del altar, para que los peregrinos puedan acceder al lugar y rendir honor a la santa, suplicando su poderosa intercesión en sus oraciones dirigidas a la Divina Misericordia.
En el altar principal, hay una estatua de la Madre de Dios de la Misericordia, patrona de la Congregación, y en los huecos laterales del altar se hallan las estatuas de san Estanislao Kostka, el patrono de la juventud, y santa María Magdalena, la patrona de los penitentes. En el altar lateral, al lado derecho, hay una pintura de san José con el Niño Jesús, pues desde el principio era el patrono de la capilla y todo el convento, que en su día se consagró bajo el patrocinio de san José, por lo que el lugar pasó a llamarse como «Josefów». En las paredes laterales hay las siguientes imágenes: una de san Juan Pablo II, san Ignacio, patrono de la Congregación, y otra del beato P. Miguel Sopoćko, que fue el director espiritual de santa Sor Faustina en Vilna.
En 1968, el cardenal Karol Wojtyla, entonces Obispo de Cracovia, incluyó la Capilla de san José en la lista de Santuarios de la Archidiócesis de Cracovia, en virtud de la tumba de la Sierva de Dios, Sor Faustina, pues ya entonces era visitada por numerosos peregrinos, y el día 1 de noviembre de 1992, el cardenal arzobispo de Cracovia, Card. Franciszek Macharski emitió un decreto oficial elevando la capilla al rango de Santuario de la Divina Misericordia.
