El amor a la Iglesia es un rasgo que aparece en muchas escuelas de espiritualidad y en cada una tiene su colorido específico. En la escuela de espiritualidad de Santa Sor Faustina la Iglesia es el don de la Divina Misericordia, don muy rico porque constituye el ámbito de la comunidad de vida del Creador y Salvador con el hombre. En sus escritos a menudo aparece la imagen de la Iglesia como Madre, que por su naturaleza se distingue por el amor misericordioso a los hijos y la imagen del Cuerpo Místico de Cristo, en que cada miembro vive en unidad con la Cabeza y con los demás miembros.
A través del espíritu de fe y también mediante numerosas visiones y experiencias místicas, Sor Faustina pudo conocer que la Iglesia es la comunidad de vida del hombre con Dios, el espacio de la presencia viva de Dios. Al sumergirme en la oración, fui trasladada en espíritu a la capilla y vi al Señor Jesús expuesto en la custodia – apuntó en el Diario – en lugar de la custodia veía el rostro glorioso del Señor y el Señor me dijo: Lo que tú ves en realidad, estas almas lo ven a través de la fe (Diario 1420).
Sor Faustina veía la muestra de la misericordia de Dios no solamente en la institución de la santa Iglesia y en la presencia de Dios en la misma, sino también en la actuación de Dios con respecto al hombre, especialmente a través de la palabra que ilumina y a través de los sacramentos en los cuales Dios concede todo tipo de gracias necesarias para la vida sobrenatural. En las invocaciones de las letanías y en otros textos del Diario, Sor Faustina menciona diferentes muestras de la gran misericordia de Dios, por citar el Santo Bautismo, la justificación a través de Jesucristo, el otorgamiento de la vida inmortal, la posibilidad de conversión, los sacramentos en los cuales Jesús concede su gracia para cada momento de la vida… (Diario 949, 1286 y otros).
Para Sor Faustina, la misericordia se manifiesta en la Iglesia también en el otorgamiento de la santidad de Dios a las criaturas. Sólo Dios es santo y su santidad es tan grande que delante de Él tiemblan todos los espíritus celestiales, se sumergen en adoración permanente y dan gloria a Dios diciendo: Santo, Santo, Santo… (Diario 180). La santidad de Dios – escribe Sor Faustina – es derramada sobre la Iglesia de Dios y sobre cada alma que vive en ella, pero no en grado igual. Hay almas completamente divinizadas, pero hay también almas apenas vivas (Diario 180). La posibilidad de transformar la vida, perfeccionarla con medios sobrenaturales, la invitación a la comunión de vida con Dios, la posibilidad de participar cada vez más plenamente en la vida de Jesús y en su misión, según Sor Faustina son los dones de la Divina Misericordia que el hombre ha recibido no por sus méritos, sino por el amor misericordioso de su Creador y Salvador. Viendo este gran amor de Dios en la Iglesia, pudo decir con toda la sinceridad de su corazón: Qué alegría ser una hija fiel de la Iglesia (Diario 481). Tal visión de la Iglesia despertaba en ella el espíritu de agradecimiento a Dios y la movilizaba para alcanzar la santidad cada vez mayor.